r-statistics-fanの日記

統計好きの現場の臨床医の覚書のようなもの

2014/09/10 updte デング熱感染日と発症日:Rで同じグラフ内に表示する

f:id:r-statistics-fan:20140910193127j:plain
f:id:r-statistics-fan:20140910193136j:plain
f:id:r-statistics-fan:20140910193147j:plain

本日19時現在のの最新のデータに更新
http://www.mhlw.go.jp/bunya/kenkou/kekkaku-kansenshou19/dl/20140910-01.pdf

代々木公園近辺以外にも広がっている模様。

http://www.who.int/mediacentre/factsheets/fs117/en/
http://www.mhlw.go.jp/bunya/kenkou/kekkaku-kansenshou19/dengue_fever_qa.html
蚊が感染者を刺して、4-10日で感染力のある蚊にクラスんじチェンジ。
感染力のある蚊がヒトを刺して、その一部のヒトが概ね4-10日で発症。
感染しちゃったヒトは、大体4-5日(発症日の前日から発症5日後)
maxで12日間、蚊に対する感染性を獲得。
この間に感染性を獲得したヒトが別の蚊に刺されると、別の蚊も4-10日で
感染力のある蚊にクラスチェンジする感じか。

内科開業医のお勉強日記: デング熱:不顕性感染比率
CDCは約半数が不顕性と書いているみたい。良く分からんというのが実情か。

グラフを見ると、8/16以降毎日感染者が出る状況になっているので
少なくとも8/16には相当数の感染力のある蚊がいたと思われる。
当然不顕性感染者も出ると思われるわけで、8/16に刺されたヒトが
不顕性で、8/19位には不顕性のまま蚊に対する感染性を獲得し、8/20に
蚊に刺されれば、8/24にはその蚊が感染力を持つ。8/24以降、別の場所に
広がってもおかしくはなさそう。

それはそれとして、メインはあくまでRの記事(笑)

発症日と推定感染日を同じグラフに表示したいと思った。

beside=TRUE

で横並びにできるが、そうすると、各場所の感染推定日と発症日が
全部横並びになる。
そうではなく、発症日だけ横並びにしたい。

結局、前者はspace=2でbeside=FALSE
後者はダミーの0フィル列を作り、beside=TRUEにして、add=TRUEにすることで
目的を達した。

#更にonsetと重ねる
windows()
names(temp8) <- c("date", "onset.freq")
tougou2 <- merge(tougou, temp8, by = "date", all = TRUE) 
tougou2[is.na(tougou2)] <- 0
name.date2 <- c.txt(as.character(format(tougou2$date, "%b月%d日")))
par(oma = c(2, 0, 0, 0))   # 下・左・上・右の順で余白を設定
col.list = c("#009900AA", "#FF0000AA", "#0000EEAA", "#EEEE00AA")
barplot(rbind(tougou2$freq,tougou2$shinjuku.wt, tougou2$soto.wt, tougou2$meij.wt), names.arg = name.date2, 
        ylim = c(0, max(tougou2$freq, tougou2$onset.freq)), beside = FALSE, add = FALSE, col=col.list, padj = 1, space = 2,
        main = "刺された推定日とその日の感染者数推定値&発症日")
barplot(rbind(tougou2$onset.freq, tougou2$onset.freq*0), names.arg = NULL,
        ylim = c(0, max(tougou2$freq, tougou2$onset.freq)), beside = TRUE, add = TRUE, col="#00EEEEAA", padj = 1)

legend("topleft", legend = c("代々木公園とその周辺", "新宿中央公園","外濠公園", "明治神宮外苑", "発症日(他は感染日)" ),
       bg = "transparent", fill = c(col.list, "#00EEEEAA"))

f:id:r-statistics-fan:20140910193147j:plain